首先感谢，大千师兄。原来这是两个字。我差点忽略了。也差点冤枉了《金山词霸》。这个字的确很少用，我翻了很多字典只有一本收录了此字。下面是《金山词霸》里查的解释
祇(qi2)
1.(形声。从示,氏声。本义:地神)
2.同本义 [the god of the earth]
祇,地祇也。――《说文》
天神曰灵,地神曰祇。――《尸子》
修礼地祇,谒款天神。――《史记·司马相如列传》
祷尔于上下神祇。――《论语·述而》
3.又如:神祇(天神和地神);祇园(祇洹,祇林,祇苑。祇树园。印度佛教圣地之一。后用为佛寺的代称)
4.通“疧”。病患 [disease]
坎不盈,祇既平,无咎。――《易·坎》
壹者之来,俾我祇也。――《诗·小雅·何人斯》

祗(zhi1)
1.祇、秖
<动>
2.(形声。从示,氐(di3声。本义:恭敬) 同本义 [respect;venerate]
祗,敬也。――《说文》
日尹祗敬六德。――《书·皋陶谟》
上帝是祗。――《诗·商颂·长发》
中和祗庸孝友。――《周礼·大司乐》
祗,祗敬也。――《广雅》
父不慈,子不祗,兄不友,弟不共,不相及也。――《左传》
3.又如:祗候人(在官府执役的小官史);祗候(恭敬侍候);祗请(恭敬邀请);祗若(恭敬顺从)“祇”
另见 zhi3


但是“神祗”这个词在词霸中也有：神祗[god] 指天神和地神,泛指神明。
吾不知子之牧羊,何所用哉?神祗岂宰杀乎?――唐·李朝威《柳毅传》
不知是否是古人搞错了。因为很多通假字就是这么来的